Les premières contradictions ou enjeux qui ont occasionnés la création d'une structure peuvent être dépassés avec le temps. Pour ne pas donc sombrer dans la léthargie celle-ci doit se mettre au diapason des nouvelles contradictions ou enjeux. C'est pourquoi, l'AEEMCI se donne pour but de :

•  Susciter et sauvegarder la foi et la croyance en ALLAH le Dieu Unique ;

•  Créer des relations de solidarité et de fraternité entre les Elèves et Etudiants Musulmans de Côte d'Ivoire et d'ailleurs ;

•  Sauvegarder et défendre les intérêts de ses membres et en cas de nécessité ceux de la communauté musulmane ;

•  Contribuer à une meilleure pratique de la religion musulmane ;

•  Former des citoyens capables de promouvoir l'islam ;

•  Constituer un pôle d'excellence dans les études scolaires et universitaires ;

•  Contribuer à la promotion des droits de l'homme

•  Lutter contre les fléaux sociaux (VIH/SIDA et les autres pandémies, pauvreté etc.)

•  Lutter pour une scolarisation des enfants et surtout de la jeune fille.

•  Lutter contre le chômage des diplômés

Pour pouvoir atteindre ses objectifs L'AEEMCI dispose les moyens suivants :

•  l'instruction religieuse et académique.

•    les manifestations culturelles    (Séminaire, théâtres, sorties, conférences…)

•  la sensibilisation, l'information et la    formation générale de ses membres.

•    la publication d'ouvrages islamiques.

•  Le plaidoyer.